Po skončení 1. etapy stěhování rostla v ostatních obcích nervozita plynoucí z různých fám a nezaručených zpráv o dalším postupu stěhování. Původní záměr druhé etapy bylo vyklizení obcí Ruprechtov, Podomí, Senetářov, Kotvrdovice, Rogendorf, Krásensko, Studnice, Odrůvky, Kulířov, Lipovec, Marianín, Rozstání, Nové Sady, Březina a část Jedovnic, s nejzazším termínem odchodu obyvatel do 1. listopadu 1942. Do zbývající, třetí etapy, připadly potom vesnice Bousín, Repechy, Hartmanice, Drahany, Otinoves, Housko, Molenburk a Baldovec. Tyto obce měly být vystěhovány do 1. listopadu 1943.
V prosinci roku 1941 bylo vydáno nové nařízení, které oznamovalo dotčeným obcím, že Drahany, Bousín, Hartmanice, Otinoves, Nové Sady, Březina, Odrůvky a Studnice jsou zařazeny do tzv. „spěšné etapy“ s termínem vyklizení do 1. května 1942. Tato etapa vzápětí nabyla platnost jako oficiální 2. etapa. Vzhledem k nereálnosti dodržení tohoto termínu došlo k jeho posunutí na 1. listopad 1942. Ani tento termín však nebyl konečný. Přetrvávající nedostatek náhradních bytů i další organizační, technické potíže a politická situace (heydrichiáda) měly za následek vyškrtnutí obcí Drahan, Bousína, Nových Sadů a Březiny z druhé etapy a přesunutí do etapy třetí. Ve druhé etapě měly tak zůstat pouze obce Otinoves, Hartmanice, Studnice a Odrůvky, kterým byl stanoven definitivní termín vyklizení na 1. prosinec 1942.
Výsledkem 2. etapy stěhování bylo vyklizení 665 domů, ve kterých žilo 908 rodin a 3256 obyvatel.